Preziosi documenti storici permettono di attestare l'antica presenza della trota nei corsi d'acqua montani delle Marche. Testimonianze del 14° e 15° secolo riguardano l'area dei Monti Sibillini, attualmente inclusa nell'omonimo Parco Nazionale. Viceversa, è probabile che il Montefeltro non fosse abitato in epoca remota da questo Salmonide. E' infatti rilevante che la trota non sia menzionata in tre bandi del secolo 16° (datati 1511, 1566, 1582) conservati nell'archivio storico del Comune di Cantiano, che regolamentavano la pesca dello Scazzone (Cottus gobio, detto "capisciotto") nei corsi d'acqua ricadenti nel Ducato d'Urbino.

La trota venne successivamente immessa nel territorio di Cantiano, come si evince da un bando del 10 giugno 1600, anch'esso custodito a Cantiano. In esso il Duca Francesco Maria II della Rovere imponeva: "...essendo hora state messe le trotte in detti luochi, et desiderando che siano, come si deve, riguardate... si comanda espressamente e prohibisce che non sia persona... che ardisca... pescare, ne far pescare con rete, ne con mano, ne in qual si voglia modo pigliare ne far pigliare capesciotti o trotte nella pesca..." Ecco perchè ancora oggi nell'entroterra pesarese, per identificare la trota Fario di torrente, viene comunemente utilizzato l'appellativo di "Trota del Duca".

I primi studi sulla fauna ittica delle acque interne nella Regione Marche sono opera di naturalisti vissuti a cavallo tra il 19° e 20° secolo, sottoforma di osservazioni e collezioni zoologiche. Solo molto più recentemente, negli anni '90, sono state svolte ricerche mirate sulle specie ittiche marchigiane, compresa la trota, che hanno svelato la contaminazione in atto nei confronti delle popolazioni autoctone a causa dei massicci ripopolamenti, nonchè l'introduzione di pesci originariamente assenti nelle acque interne del territorio regionale. Nel 2003 il biologo Vincenzo Caputo dell'Istituto di biologia e genetica dell'Università Politecnica delle Marche ha svolto, per conto della Provincia di Pesaro e Urbino, un'approfondita indagine genetica, indispensabile riferimento scientifico per avviare il recupero della trota Fario "mediterranea". Il lavoro è contenuto nella pubblicazione intitolata "Ricerche sulla biodiversità della trota Fario in Provincia di Pesaro e Urbino e nelle Marche", dal quale sono stati tratti i riferimenti storico-scientifici contenuti nel sito.